Впервые внимание секретного отдела ГПУ Булгаков привлек в 1922 году, 7 мая 1926 года в квартире Булгакова состоялся обыск, у писателя изъяли рукопись «Собачьего сердца» и личные дневники. Булгакова неоднократно вызывали на допросы на Лубянку (об этом в 1927 году сообщали даже эмигрантские «Дни»), он написал несколько заявлений с требованием вернуть ему изъятые вещи, обращался за помощью к Горькому. В 1929 году ему все же вернули рукопись «Собачьего сердца». О судьбе дневников существуют две версии — по одной дневники так и остались на Лубянке, по другой, рассказанной третьей женой Булгакова Еленой Сергеевной, Булгаков получил назад дневники и сам уничтожил их, сохранив лишь несколько листочков.

С мая 1926-го до декабря 1928-го Булгаков написал несколько заявлений в ОГПУ с требованием вернуть ему изъятые при обыске дневники и одно письмо в Наркомпрос (Луначарский переправил его Г. Ягоде). 22 сентября 1926 года Булгаков побывал на Лубянке лично — его вызвали на допрос. Допрос состоял из двух частей — Булгаков заполнил анкету, описав свою биографию до и после 1917 года, а потом отвечал на вопросы следователя. Отвечая по существу дела, Булгаков, как и в разговоре со Сталиным и в письме правительству, взглядов своих не скрывал: «На крестьянские темы я писать не могу потому, что деревню не люблю… Из рабочего быта мне писать трудно… интересуюсь я им мало, и вот по какой причине: я занят, я остро интересуюсь бытом интеллигенции русской, люблю ее, считаю хотя и слабым, но очень важным слоем в стране. Судьбы ее мне близки, переживания дороги. Значит, я могу писать только из жизни интеллигенции в советской стране. Но склад моего ума сатирический. Из-под пера выходят вещи, которые порою, по-видимому, остро задевают общественно-коммунистические круги. Я всегда пишу по чистой совести и так, как вижу. Отрицательные явления жизни в советской стране привлекают мое пристальное внимание, потому что в них я инстинктивно вижу большую пищу для себя (я — сатирик)». На просьбу следователя назвать лиц, которым Булгаков читал «Собачье сердце» на заседании кружка «Зеленая лампа», писатель ответил отказом: «Отказываюсь по соображениям этического порядка». Булгаков не стал делать секрета из своего допроса и подробно пересказывал его Вересаеву, знакомым и друзьям, слухи о вызове Булгакова на Лубянку широко разошлись по Москве — об этом докладывал в ОГПУ тайный осведомитель из булгаковского окружения.